在去冬今春我国大部地区气温偏高的背景下，2020年重点湖库水华防控形势十分严峻。4月7日，生态环境部印发《关于做好2020年重点湖库水华防控工作的通知》（以下简称《通知》），要求各地高度重视，统筹做好疫情防控和经济社会发展，切实做好水华防控，保障饮用水水源安全。《通知》从四个方面部署重点湖库水华防控工作：
一是强化监测预警。太湖、巢湖、滇池、洱海、丹江口水库等5个重点湖库所在省份，要依照《重点湖库水华预警工作机制（试行）》，做好水华监测预警。其他省份要严密监控辖区内重点湖库水质和水华动态，加强水华发生形势研判，科学开展预测预警。各地要充分发挥相关科研成果的支撑作用。
二是做好应急防控。建立健全应急工作机制，提高应急响应及处置能力。有针对性地做好藻类拦截打捞和无害化处置工作，减轻水华灾害影响。加强饮用水水源地水质监控，必要时报告当地政府启动城市供水应急预案，保障饮用水供水安全。
三是实施系统治理。结合重点流域水生态环境保护“十四五”规划编制，以湖库及其主要入湖支流为整体，坚持山水林田湖草系统治理，以河湖缓冲带及水域生态保护修复、人工湿地水质净化、主要污染物减排、区域再生水循环利用等为重点，谋划并实施一批重大水生态保护修复工程，全面维护湖库生态系统完整健康。
四是加强宣传引导。按照信息发布要求，定期公开重点湖库水质状况、工作动态等情况，保障公民知情权；结合日常工作做好湖库生态环境保护的宣传教育，提高公众对水华现象的科学认识；积极主动回应社会各界关切，做好解疑释惑，维护社会和谐稳定。
生态环境部将密切关注各重点湖库水质及水华动态，视疫情防控情况组织开展工作督导，有效防控水华及其次生灾害，降低对湖库生态系统的不利影响，对水华防控工作落后地区予以通报。